Le partage des données et l’ouverture en recherche

Bienvenue au troisième numéro de Cyber-infos du CAC, votre source de mises à jour des évaluations du CAC, ses activités, ses académies membres et les sciences au Canada.

Avec la parution récente de deux rapports d’évaluation, intitulés respectivement Honnêteté, responsabilité et confiance : Promouvoir l’intégrité en recherche au Canada et La taxonomie canadienne : explorer la biodiversité, créer des possibilités, le CAC est heureux de pouvoir aborder une question commune à ces deux rapports – le partage des données et le concept d’ouverture en recherche.

Ce numéro de Cyber-infos du CAC met en vedette Sarah P. Otto, membre de la Société royale, professeure à l’Université de la Colombie-Britannique et directrice du Centre de recherche sur la biodiversité de cette institution, et membre du comité d’experts sur les sciences de la biodiversité. La recherche de Madame Otto a mené à des méthodes novatrices permettant d’estimer la façon dont les caractéristiques propres à un organisme donné peuvent influer sur les taux de spéciation (la formation évolutionnaire de nouvelles espèces biologiques) et d’extinction.

La chronique Perspectives propose un article spécial sur l’ouverture en science, signé Emmanuel Mongin, un associé de recherche à l’emploi du CAC.

Nous espérons que vous aimerez ce numéro de Cyber-infos du CAC et que vous continuerez à nous fournir vos commentaires!

Vous avez des questions? Vous voulez nous faire part de vos commentaires? Envoyez-nous un courriel à editors@scienceadvice.ca.

Alors que nous nous apprêtons à accueillir une nouvelle année, nous songeons chaleureusement à toutes ces réalisations qui ont marqué 2010. Aucune de celles-ci n’aurait été possible sans l’appui de nos bénévoles experts et dévoués. Le travail acharné et l’engagement vis-à-vis du CAC dont ont fait preuve tant les membres de nos comités d’experts que les examinateurs de rapports ont contribué aux nombreuses réussites qui ont jalonné ces 12 derniers mois – dont le lancement de deux nouveaux rapports. J’aimerais aussi reconnaître le travail du personnel du CAC, dont je salue les immenses efforts déployés tout au long de l’année.

• Pour en savoir plus
  1. 
     En octobre 2010, le CAC a lancé un rapport intitulé Honnêteté, responsabilité et confiance : Promouvoir l’intégrité en recherche au Canada. Le mois suivant, a suivi le rapport La taxonomie canadienne : explorer la biodiversité, créer des possibilités.
     
     Paru dans le sillon de ces lancements, ce numéro de Cyber-Infos du CAC est consacré à une thématique qui revient dans les deux rapports, à savoir l’ouverture et le partage de l’information. L’ouverture, telle que décrite dans le rapport du CAC sur l’intégrité en recherche, est « la transparence des processus et des pratiques, caractérisée par la visibilité ou l’accessibilité de l’information.
     
     Animé par un esprit d’ouverture, le comité d’experts qui a signé La taxonomie canadienne : explorer la biodiversité, créer des possibilités, affirme qu’il est « vital que les données sur les éléments de la biodiversité – y compris les espèces, les gènes et les écosystèmes – soient créées et organisées de façon à ce qu’elles soient facilement accessibles au public, aux décideurs et aux scientifiques »». Bien que non obligatoire, le partage des données – ou l’accessibilité aux informations – est sans contredit au cœur de l’ouverture.
     
     C’est par le biais de l’ouverture que les collaborations de recherche canadiennes mèneront à d’importantes innovations et contribueront à établir le Canada comme chef de file dans le domaine des sciences et de la technologie. La pratique de partage d’information et d’ouverture est déjà mise en pratique par nombre de chercheurs canadiens, dont Madame Sarah P. Otto, qui a siégé au comité d’experts du CAC sur la taxonomie et qui fait l’objet de la chronique À la rencontre d’un membre. Emmanuel Mongin, associé de recherche au CAC, y aborde pour sa part la question de la science ouverte dans la chronique Perspectives.
     
     Se tournant vers l’avenir, le CAC est ravi de s’être vu soumettre quatre nouvelles questions de la part du gouvernement fédéral, qui feront l’objet d’évaluations de comités d’experts en 2011 : La gestion durable de l’eau de terres agricoles du Canada; Les femmes dans la recherche universitaire; Rendement scientifique et financement de la recherche; et L’état de la science et de la technologie au Canada.
     
     L’idée de travailler sur ces projets au courant de l’année 2011 nous plaît beaucoup et nous motive. Vous pouvez en apprendre davantage sur ces évaluations dans le présent numéro ainsi que dans notre site Web, à l’adresse www.sciencepourlepublic.ca.
     
     Je vous offre nos meilleurs vœux en ce temps des Fêtes.
     
     Elizabeth Dowdeswell
     Présidente
     Conseil des académies canadiennes
     
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Comités d'experts au travail

Le travail des comités d’experts du CAC a beaucoup avancé au courant de l’automne. Tant l’évaluation sur l’intégrité en recherche que celle sur la biodiversité ont été lancées avec succès en octobre et novembre, respectivement. Les comités d’experts sur les approches d’évaluation des risques en matière de santé animale et sur les tests intégrés pour les pesticides poursuivent leur travail en vue de publier leurs conclusions en 2011.

En outre, le CAC est heureux de se pencher sur trois nouvelles questions d’évaluation, qui portent sur les questions suivantes : les femmes dans la recherche universitaire, la gestion durable de l’eau des terres agricoles du Canada, et l’état de la science et de la technologie au Canada.


• Pour en savoir plus
  1. Rendement scientifique et financement de la recherche
     Le Conseil des académies canadiennes (CAC) est heureux d’annoncer la nomination de Madame Rita Colwell à la présidence du comité d’experts sur le rendement scientifique et le financement de la recherche. Madame Colwell s’est bâti une réputation internationale enviable en raison du travail qu’elle a réalisé dans les domaines des maladies infectieuses et des problématiques liées à l’eau. À titre de membre éminent de la communauté scientifique, la nomination de Madame Colwell témoigne de la capacité attestée du CAC de s’adjoindre les plus grands penseurs du Canada et de l’étranger.
     
     Madame Rita Colwell, Ph. D., est une professeure d’université fort respectée, qui enseigne à la fois à la University of Maryland at College Park et à la Johns Hopkins University Bloomberg School of Public Health. Elle est également conseillère principale et présidente émérite de la société Canon US Life Sciences Inc., ainsi que présidente-directrice générale de la société CosmosID Inc.
     
     Madame Colwell a signé et cosigné 17 ouvrages et plus de 750 publications scientifiques. Elle a mérité de nombreux prix, dont, tout récemment, le prix de l’eau de Stockholm 2010, qui lui a été remis le 9 septembre 2010 par le roi de Suède.
     
     À titre de présidente du comité d’experts, Madame Colwell collaborera avec les membres du comité d’experts pour réaliser une évaluation des données scientifiques sur les pratiques internationales qui servent à mesurer le rendement de la recherche en sciences naturelles et en génie. Cette évaluation abordera la question soumise au CAC par le ministre de l’Industrie au nom du Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie (CRSNG) :
     
     Que peut-on apprendre des données scientifiques et des approches employées par d’autres organismes de financement de par le monde, sur le plan des indicateurs de rendement et des pratiques exemplaires relatives à leur utilisation, dans le contexte de la recherche en sciences naturelles et en génie effectuée dans les universités, les collèges et les écoles polytechniques?
     
     
     Tests intégrés pour les pesticides
     Le comité d’experts sur les tests intégrés pour les pesticides s’est réuni les 2 et 3 novembre 2010 à Ottawa. Cette évaluation en est présentement aux dernières étapes d’élaboration de contenu et devrait être soumise à une évaluation par les pairs au début de 2011.
     
     
     Approches d’évaluation du risque de la santé des animaux
     Le rapport du comité d’experts sur l’évaluation du risque de la santé des animaux en est à l’étape de l’évaluation par les pairs. Le comité d’experts tiendra sa cinquième rencontre à Ottawa au début de 2011 pour se pencher sur les commentaires des examinateurs. On prévoit que la version définitive du rapport sera publiée au milieu de l’année 2011.
     
     
     Les femmes dans la recherche universitaire
     Le CAC a reçu une nouvelle question de la part du ministre de l’Industrie. Cette question porte sur les facteurs qui influent sur la trajectoire de carrière des femmes qui s’adonnent à la recherche universitaire, dans tous les domaines de recherche
     
     Conseillé par son comité consultatif scientifique, le CAC a entrepris de mettre sur pied un comité qui aura pour mandat de réaliser cette évaluation. Cette évaluation se déroulera tout au long de l’année 2011.
     
     
     Gestion durable de l’eau des terres agricoles du Canada
     Le ministre d’Agriculture et Agroalimentaire Canada a demandé au CAC de réaliser une évaluation détaillée des études scientifiques nécessaires pour mieux encadrer la gestion durable de l’eau, afin de répondre aux besoins de l’industrie agricole. Cette évaluation se déroulera tout au long de l’année 2011.
     
     
     L’état de la science et de la technologie au Canada
     Le CAC a reçu, de la part du ministre de l’Industrie, une question portant sur l’état de la science et de la technologie au Canada. Cette question fait suite au rapport inaugural du CAC, L’État de la science et de la technologie au Canada, paru en 2006.
     
     
     Pour obtenir des mises à jour sur ces évaluations, consultez évaluations en cours.
     
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À la rencontre d'un membre

Dr Sarah P. Otto, MSRC
L’évolution a façonné le monde qui nous entoure. Depuis les profondeurs des océans aux sommets des plus hautes montagnes, les espèces se sont adaptées afin de survivre dans presque toutes les régions du globe. Mais toutes les espèces n’ont pas évolué de la même façon. Madame Sarah P. Otto a voué sa carrière à tenter de comprendre les différentes voies de l’évolution et pourquoi celles-ci divergent, menant à la grande variété d’espèces sur Terre que nous pouvons aujourd’hui observer.


• Pour en savoir plus
  1. « Bien comprendre la façon dont les espèces évoluent est important, car cela nous permet de prédire la façon dont les maladies réagiront aux antibiotiques, comment la gamme d'une espèce est affectée par le changement climatique et comment les espèces envahissantes font face au changement », explique Madame Otto, professeure et directrice du Centre de recherche en biodiversité de l’Université de la Colombie-Britannique.
     
     
     
     « Ma recherche a recours à des modèles mathématiques pour clarifier la façon dont certaines caractéristiques d’un organisme affectent tant son potentiel et que son niveau d’adaptation. Je demande aussi pourquoi ces caractéristiques sont différentes l’une de l’autre. Pourquoi certaines espèces produiraient-elles une progéniture principalement en se clonant, alors que d’autres ne le font jamais? Pourquoi certaines espèces ont-elles des génomes étoffés et plusieurs chromosomes, alors que d’autres sont-ils aussi simplifiés? ».
     
     Son travail des dernières années a donné lieu à des méthodes statistiques novatrices permettant d’estimer l’impact de ce genre de caractéristiques sur les taux historiques de spéciation et d’extinction. Cette information nous aide à aborder d’importantes questions sur les taux d’extinction – par exemple, dans quelle mesure les risques d’extinction actuels se comparent-ils aux risques historiques? Et en quoi les humains modifient-ils les caractéristiques des espèces qui réussissent à persister?
     
     « J’espère offrir une meilleure compréhension du monde naturel », affirme madame Otto au sujet de son travail.
     
     Attirée à la biologie grâce à l’intervention d’un enseignement de son école secondaire, elle avait peu après lu De l’Origine des espèces et son sort était scellé. Outre sa passion pour la biologie, elle a toujours entretenu une passion parallèle pour les mathématiques.
     
     « Au départ, je songeais devenir manipulatrice généticienne parce que je me disais qu’il y aurait beaucoup de mathématiques dans ce domaine. Mais j’ai peu à peu découvert que cette discipline exigeait davantage de mélanges de produits chimiques que de mathématiques, ce qui m’a découragée à poursuivre dans cette voie. Heureusement, mes professeurs étaient d’excellents mentors; ils m’ont guidée vers la biologie évolutionniste. »
     
     C’est en raison de son expertise en biologie évolutionniste qu’elle a été nommée au comité d’experts de la plus récente évaluation du CAC, dont le rapport est intitulé La taxonomie canadienne : explorer la biodiversité, créer des possibilités. La taxonomie est la recherche scientifique qui découvre, différencie, classifie et documente les êtres vivants; à ce titre, elle est essentielle aux sciences de la biodiversité. Le rapport a permis de constater, entre autres choses, que bien que le Canada ait fait des contributions de calibre mondial à la recherche taxonomique, au fil des ans, ses efforts de partage de données font piètre figure sur la scène internationale.
     
     « La recherche est véritablement tributaire de la disponibilité des données. À moins que les données ne soient ouvertes et disponibles, il devient presque impossible d’y accéder et de les utiliser », soutient Madame Otto. « Le Canada n’est pas un chef de file en matière de financement des initiatives visant l’inscription dans des bases de données d’informations déjà recueillies, ce qui réduit l’efficacité et la précision des constatations scientifiques. »
     
     C’est pourquoi Madame Otto a veillé à ce que tous les logiciels soutiennent son travail sur la spéciation (la formation évolutionnaire de nouvelles espèces biologiques) et les taux d’extinction soient de source ouverte et librement accessible. De plus, elle partage avec ses collègues les méthodes de recherche qu’elle a utilisées pour ce projet.
     
     Madame Otto est membre de la Société royale du Canada et a reçu le prix Steacie ainsi qu’une bourse Steacie. Elle a signé plus d’une centaine d’articles et son plus récent ouvrage, qu’elle a cosigné avec Monsieur Troy Day, A Biologist's Guide to Mathematical Modeling in Ecology and Evolution, a été très bien reçu.
     
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Pleins feux sur l’intégrité en recherche

La recherche joue un rôle clé dans le façonnement de notre monde. Grâce à la recherche, nous sommes mieux à même de comprendre les questions sociales et scientifiques complexes et pressantes du jour. Mais les bienfaits de la recherche ne sauraient être pleinement atteints si la connaissance qu’elle génère n’est pas exacte et fiable. En 2009, le ministre de l’Industrie a chargé le Conseil des académies canadiennes de se pencher sur la question suivante :

En matière d’intégrité en recherche, quels sont les principes, procédures et pratiques importants, appropriés dans le contexte canadien, que l’on pourrait appliquer dans tous les domaines de la recherche aux institutions qui reçoivent des fonds des conseils subventionnaires fédéraux?


• Pour en savoir plus
  1. 
     Le CAC a mandaté un comité composé de 14 experts de préparer un rapport sur l’intégrité en recherche qui soit exhaustif et fondé sur des donnés probantes. Le rapport, intitulé Honnêteté, responsabilité et confiance : Promouvoir l’intégrité en recherche au Canada, a été lancé par le président du comité, Paul Davenport, Ph.D., le 21 octobre 2010 dans le cadre de la Conférence sur les politiques scientifiques canadiennes. Le rapport est téléchargeable depuis le site www.sciencepourlepublic.ca.
     
     Le comité d’experts a conclu que le Canada serait mieux à même de renforcer son système d’intégrité en recherche en créant un climat favorable et qui met l’accent sur la promotion et la prévention. Cependant, le comité précise qu’un climat positif doit aussi être équilibré par la capacité de traiter et de sanctionner les cas d’inconduite qui surviennent de temps à autre.
     
     Créer un climat favorable requiert la participation de tous les intervenants en recherche (les bailleurs de fonds, les administrateurs et les chercheurs individuels). Une composante centrale de cette prémisse est l’adoption d’une définition commune de l’intégrité en recherche, de même que des valeurs et des principes largement acceptés. Le rapport du comité d’experts a donc tenté d’arrêter une définition de l’intégrité en recherche, ainsi que cinq valeurs centrales et onze principes fondamentaux applicables à tous les intervenants des milieux de la recherche.
     
     Le rapport comprend également un examen des approches institutionnelles canadiennes et mondiales à l’intégrité en recherche, ainsi qu’une analyse des types d’inconduite à rapporter. Le CAC souhaite que cette évaluation offre les preuves et les informations nécessaires aux intervenants qui tentent de poursuivre leur travail d’élaboration de politiques publiques. Pour en apprendre davantage, veuillez consulter le site http://sciencepourlepublic.ca/fr/assessments/completed/research-integrity.aspx.
     
     Pleins feux sur la biodiversité
     
     En 2009, le ministre du Patrimoine canadien, au nom du Musée canadien de la nature, a soumis la question suivante au Conseil des académies canadiennes (CAC) : Quels sont l’état et les tendances de la biodiversité au Canada : sommes-nous outillés pour comprendre les défis que présentent nos ressources en biodiversité?
     
     Le CAC a donc chargé un groupe multidisciplinaire composé de 14 experts canadiens et étrangers de se pencher sur cette question, sous la présidence de Thomas E. Lovejoy, Ph.D., titulaire de la chaire de recherche en biodiversité au Centre Heinz pour la science, l’économie et l’environnement. Le comité d’experts s’est réuni à différentes reprises pendant une période de 12 mois afin de produire un rapport détaillé et fondé sur les données probantes intitulé La taxonomie canadienne : explorer la biodiversité, créer des possibilités.
     
     Le rapport a été lancé le 18 novembre dernier, pour coïncider avec la tenue du Symposium sur la biodiversité arctique, qu’accueillait le Musée canadien de la nature. Le rapport est téléchargeable depuis le site Web du CAC à l’adresse www.sciencepourlepublic.ca.
     
     Le mandat du comité d’experts portait plus précisément sur l’état de la taxonomie au Canada. La taxonomie est la science qui découvre, différencie, classifie et documente les êtres vivants. À ce titre, la taxonomie est au cœur de la recherche en biodiversité et à la compréhension du monde qui nous entoure.
     
     Le rapport du comité d’experts examine trois domaines clés : l’expertise taxonomique du Canada; l’état des collections de biodiversité; et la capacité du Canada sur le plan du partage des données. À la suite d’un examen des éléments probants de chacun de ces domaines, le comité d’experts a conclu que le Canada n’est pas encore outillé pour pleinement comprendre les défis que présentent ses ressources en biodiversité.
     
     Le 29 novembre dernier, le CAC a été l’hôte d’un atelier sur l’avenir de la taxonomie. Cet événement a initié une importante discussion, entre chercheurs et décideurs, sur les possibilités et les défis identifiés dans le rapport du comité d’experts.
     
     Le CAC souhaite que cette évaluation offre les preuves et les informations nécessaires aux intervenants qui tentent de comprendre, de conserver et de protéger la biodiversité canadienne, pour qu’ils puissent envisager les prochaines étapes. Pour en apprendre davantage, veuillez consulter le site http://sciencepourlepublic.ca/fr/assessments/completed/biodiversity.aspx.
     
     
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Autour du CAC

Bienvenue
Le CAC est heureux de souhaiter la bienvenue à deux nouveaux membres de son équipe permanente. Kelly Loverock intègre l’équipe à titre de coordonnatrice du site Web et des communications, alors que Dane Berry s’y joint à titre d’associé de recherche.

Le CAC continue à accueillir et à attirer des personnes très douées. Sans leur dévouement et leur dur labeur, le CAC ne pourrait arriver à atteindre des normes de qualité si élevées.


• Pour en savoir plus
  1. Adieux sincères
     Le CAC fait des adieux chaleureux à Jason Sherriff, qui occupait le poste de coordonnateur du site Web et des communications depuis deux ans, et à Joe Rowsell, qui avait été associé de recherche au CAC depuis 2009.
     
     Félicitations
     John Smol, membre du comité consultatif scientifique du CAC et membre de la Société royale du Canada, a été honoré dans le cadre de l’édition 2010 des prix Nature (Mentoring in Science). Monsieur Smol a reçu le prix de mi-carrière. Lancés en 2005, ces prix annuels reconnaissent le mentorat scientifique exceptionnel et mettent l’accent, d’une année à l’autre, sur un ou des pays spécifiques. Cette année ciblait le Canada et plus de 50 nominations ont été soumises pour les deux prix. Félicitations à M. Smol!
     
     Paul Davenport, président du comité d’experts sur l’intégrité en recherche, est retourné à l’Université Western Ontario, qu’il avait présidé pendant 15 ans, pour y recevoir un doctorat honorifique en droit, qui vient couronner son travail de défenseur sur la place publique du rôle de l’éducation supérieure et de la recherche fondamentale dans l’économie du savoir. Toutes nos félicitations à M. Davenport!
     
     Catharine Whiteside, présidente de l’Académie canadienne des sciences de la santé et membre du conseil d’administration du CAC, a vu reconduit son mandat de doyenne de la Faculté de médecine de l’Université de Toronto. Les compétences en leadership dont a fait preuve la Dre Whiteside pendant son premier mandat ont été saluées par le comité d’ordre du jour du conseil des études. Son deuxième mandat débute le 1er juillet prochain et prendra fin le 31 décembre 2014. Toutes nos félicitations à la Dre Whiteside!
     
     Nominations
     Plus tôt cet automne, la présidente du CAC, Elizabeth Dowdeswell, a été nommée par le ministre de l’Environnement au poste de présidente d’un comité consultatif indépendant sur la science des sables bitumineux. Ce comité consultatif avait été mandaté de soumettre des recommandations au ministre de l’Environnement sur la recherche scientifique et sur la surveillance des effets environnementaux associés au développement des sables bitumineux.
     
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Nouvelles des académies
Cette section propose des nouvelles des académies membres du CAC: La SRC : Les Académies des arts, des lettres et des sciences du Canada, l'Association canadienne du génie et l'Académie canadienne des sciences de la santé. Cliquez sur le lien ci-dessous pour voir les nouvelles des académies.

• Pour en savoir plus
  1. SRC - Les Académies des arts, des lettres et des sciences du Canada
     
     Société royale du Canada (SRC) poursuit sa mission : une mise à jour
     
     Reconnaître : Dans le cadre de son assemblée générale annuelle tenue le 27 novembre dernier, 81 membres, dont le gouverneur général, ont été admis aux académies membres de la SRC; de plus, 12 médailles et prix ont été remis.
     
     Promouvoir : Au printemps dernier, la SRC a accueilli à Ottawa les académies nationales des sciences des pays du G8+5. Pendant l’été, elle a accueilli 22 académies de sciences dans le cadre de l’assemblée générale de l’InterAmerican Network of Academies of Science. Cet automne, la SRC a organisé, avec l’Académie des sciences d’Afrique du Sud, une conférence de deux jours sur l’avenir des lettres et sciences humaines, laquelle s’est tenue à Cape Town.
     
     Conseiller : En décembre 2010, le groupe d’experts de la SRC publiera son rapport intitulé Les impacts de l’industrie canadienne des sables bitumineux sur l’environnement et la santé. Au début de 2011, la SRC publiera un autre rapport d’experts, Prise de décisions en fin de vie.
     
     Pour obtenir de plus amples informations sur la Société royale du Canada (SRC), visitez notre site Web au : www.rsc-src.ca.
     
     Académie canadienne du génie
     L’Association canadienne de génie souhaite à tous des Fêtes de fin d’année aussi merveilleuses que sécuritaires.
     
     L'académie canadienne du génie
     
     L’Académie canadienne des sciences de la santé
     Le CAC félicite l’ACSS pour la publication de son récent rapport Comment transformer les soins offerts aux Canadiens souffrant de maladie chronique et pour le lancement de son évaluation sur le rôle stratégique du Canada en santé mondiale, à l’automne dernier. Cette évaluation devrait être achevée à la fin 2011. Pour de plus amples informations, veuillez vous rendre à l’adresse http://www.cahs-acss.ca/e/news/.
     
     L'Académie canadienne des sciences de la santé
     
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Perspectives
La science ouverte : un domaine en expansion
Emmanuel Mongin

En février 2001, un numéro spécial de la revueNatureprésentait la première ébauche du projet du génome humain doté d’un financement public. Sous l’égide de l’International Human Genome Sequencing Consortium, le projet a mené à bien une décennie d’efforts publics à l’échelle internationale pour déterminer la séquence du génome humain et rendre celle-ci disponible non pas uniquement à la communauté scientifique, mais aussi au grand public. L’envergure et l’importance de ce projet de science ouverte a poussé les scientifiques à trouver de nouvelles façons de collaborer ensemble.


• Pour en savoir plus
  1. Les scientifiques et les organismes de financement exigent de plus en plus un accès accru aux données, et une diffusion plus grande de ces données, lorsque des projets de recherche donnent lieu à des protocoles de données transparents qui peuvent être facilement publiés et qui sont accessibles à tous. Cet article explore certains des éléments qui ont inspiré la science ouverte, en décrit certaines applications spécifiques et présente certains des avantages liés à une telle approche.
     
     L’esprit du mouvement du code source libre a beaucoup influencé la façon dont les projets des sciences de la vie sont désormais menés. Le code source libre est traditionnellement associé aux logiciels et fait référence au développement ouvert et collaboratif de codes qui peuvent être utilisés librement, adaptés et redistribués. Linux, un système d’exploitation du code source libre, est un exemple populaire d’un concept qui a inspiré plusieurs autres applications, dont les données ouvertes, les publications à accès public, et les normes ouvertes. Un autre exemple bien connu est Wikipedia, qui est fondé sur des principes de sources ouvertes et qui permet à chacun d’y contribuer ou de réviser le contenu de cette encyclopédie en ligne.
     
     Bien qu’il n’y ait aucune définition arrêtée de la science ouverte, celle comprend généralement les éléments suivants : la transparence en matière d’expérimentation; les données disponibles au public; et l’utilisation d’outils qui facilitent la collaboration scientifique et la dissémination des résultats(par exemple, le projet EnsEMBL a développé un code source libre ouvert qui permet l’annotation du génome et qui diffuse librement les données génomiques sur son site Web).
     
     Un des éléments clés de toute approche ouverte est un nouveau mécanisme de délivrance de licences qui, par exemple, permet à l’auteur de protéger son travail tout en en faisant une distribution libre. De telles licences peuvent être consenties par des projets comme l’initiative sans but lucratif Creative Commons (CC), ou encore le projet GNU. Creative Commons donne au propriétaire du contenu le choix de six types de catégories de licences – par exemple, il peut choisir d’accorder des droits d’accès aux données en vue d’une utilisation strictement non commerciale. Ce genre de licence permet le partage de données sans astreindre celles-ci aux restrictions des droits d’auteur traditionnels. Notons qu’en 2007, le projet satellite de CC, Science Commons, a été mis sur pied pour offrir des permis conçus sur mesure pour répondre aux besoins de la recherche scientifique.
     
     Sur le plan de l’accès aux données, on compte nombre d’exemples d’importants projets de sciences de la vie qui font la promotion de l’accès libre et gratuit aux données, dont le projet HapMap. Cette collaboration internationale entre des chercheurs universitaires et du secteur privé a pour objectif d’établir les variations génomiques de la population humaine. L’intention est de rendre les données accessibles gratuitement à la communauté scientifique afin d’en promouvoir l’intégration avec d’autres données génomiques, le tout pour contribuer à la recherche médicale sur les fondements génétiques de maladies héréditaires. Le Système mondial d’information sur la biodiversité (SMIB) fait la promotion du partage de données sur la biodiversité comme mesure d’atténuation de la crise en biodiversité. À titre d’exemple, les données du SMIB permettent aux scientifiques d’observer les changements des rayons d’espèces envahissantes, ce qui peut avoir d’importantes répercussions économiques et sociales. Ce type de projet permet aussi aux scientifiques de partout au monde de mettre en commun et d’intégrer des données sur une plateforme commune.
     
     Le concept de science ouverte a naturellement été appliqué à maintes reprises, au-delà du seul partage de données. Le développement de logiciels à code source libre dans les domaines scientifiques, comme en bio-informatique, en est un exemple évident. La disponibilité de différentes applications de logiciels scientifiques à code source libre (voir Wikipedia pour en consulter une liste) a beaucoup minimisé le dédoublement et augmenté la cadence des découvertes scientifiques. D’autres applications novatrices ont aussi été élaborées. Par exemple, l’organisme sans but lucratif Cambia tente de développer d’autres types de permis dans le domaine des technologies agricoles. Le projet Open Source Drug Discovery a également recours au modèle de code source libre, dans ce cas en vue du développement de médicaments qui permettraient de traiter des maladies négligées. Enfin, dans le domaine de la publication scientifique, des revues comme Public Library of Science (PLoS) et Biomed Central ont une politique d’accès ouvert pour promouvoir l’accès gratuit à la recherche et aux constatations scientifiques.
     
     Il est clair que l’approche que propose la science ouverte présente de nombreux avantages. Sur le plan plus fondamental, elle promeut la transparence et l’intégrité en recherche, comme la tentation de commettre une fraude est réduite lorsque son propre travail est accessible à la communauté scientifique élargie. Les expériences scientifiques sont également plus faciles à reproduire lorsque les articles, données et codes sources sont accessibles à tous. Par conséquent, la science ouverte facilite la collaboration, et encourage le développement de normes communes qui rendent plus facile l’intégration de données à d’autres projets. Elle donne accès à ces informations à un plus grand public (et non pas uniquement à ceux qui peuvent payer pour obtenir cet accès). Il y a des détracteurs de la science ouverte, notamment en ce qui a trait à son application au sein du secteur privé; toutefois, ces discussions outrepassent la portée de cet article.
     
     Emmanuel Mongin est Associé de recherche au Conseil des académies canadiennes. Emmanuel détient un doctorat en génétique humaine de l’Université McGill ainsi qu’une maîtrise en sciences biomoléculaires de l’Université d’York, au Royaume-Uni0.
     
     Ouvrages cités
     
     Center for Biomolecular Science & Engineering (2009). The Human Genome Project Race. Consulté en novembre 2010 à l’adresse http://www.cbse.ucsc.edu/research/hgp_race.
     
     Coriell Institute for Medical Research (2007). HapMap Revolutionizing Genetic Research. HapMap News. Consulté en novembre 2010 à l’adresse ccr.coriell.org/PDF/NHGRI/Newsletters/hapmap3_en.pdf
     
     DeLano, W.L. (2005). The case for open-source software in drug discovery. Drug Discov. Today, vol. 10, p. 213–217.
     
     Eisenberg, R.S., Heller, M.A. (1998). Can Patents Deter Innovation? The Anticommons in Biomedical Research. Science. Consulté en novembre 2010 à l’adresse http://www.sciencemag.org/content/280/5364/698.full
     
     Hubbard, T., Barker, D., Birney, E., Cameron, G., Chen, Y., Clark, L., Cox, T., Cuff, J., Curwen, V., Down, T., et coll. (2002). The Ensembl genome database project. Nucleic Acids Res, vol. 30, no 1, p. 38–41.
     
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Le prix international de recherche en santé Henry Friesen 2010
En septembre dernier, le CAC a eu le plaisir de collaborer avec les Amis des IRSC, un organisme voué à la promotion de la recherche dans le domaine de la santé, qui a célébré le travail et la carrière de Madame Shirley M. Tilghman, Ph.D.


• Pour en savoir plus
  1. Madame Tilghman, la présidente de l’Université Princeton, est bien connue et respectée en raison des découvertes qu’elle a faites en génétique du développement et de son travail de clonage du premier gène mammifère. Elle a été membre du comité du National Research Council, qui a établi le plan directeur de l’initiative américaine du projet du génome humain. De plus, elle a été membre fondatrice du conseil consultatif national du Human Genome Initiative pour le compte de la NIH (National Institutes of Health). Madame Tilghman est connue non pas uniquement pour son travail de recherche d’avant-garde, mais également pour son rôle de chef de file des femmes en science et de promotion des efforts conçus pour faire en sorte que le début de carrière des jeunes scientifiques soit aussi significatif et productif que possible.
     
     Madame Tilghman est rentrée en Ontario cet automne pour recevoir le prix international de recherche en santé Henry Friesen 2010. Ce prix de 35 000 dollars est remis annuellement à une Canadienne ou à un Canadien dont l’innovation est exceptionnelle et qui est un chef de file visionnaire d’envergure internationale. Madame Tilghman a profité de son passage pour se rendre à l’Université d’Ottawa ainsi qu’à son alma mater, l’Université Queen’s. À l’Université d’Ottawa, elle a prononcé une allocution intitulée Science and Enterprise as Social Good: the Role of Universities, où elle a abordé le rôle de la recherche universitaire dans des pays modernes et développés. Elle s’est plus précisément attardée aux questions suivantes : la formation des nouvelles générations de chercheurs; comment se mettre au service d’objectifs nationaux et internationaux d’amélioration de la qualité de vie; comment renforcer la concurrence économique et promouvoir la prospérité nationale. L’allocution qu’elle a prononcée à l’Université Queen’s était intitulée Bridging the Gender Gap in Science and Technology; elle y a exploré les stéréotypes auxquels se heurtent les jeunes femmes et les façons de les surmonter pour réussir leur carrière en science. Pour visionner les allocutions de Madame Tilghman, veuillez vous rendre à l’adresse http://www.fcihr.ca/prize/front.php (en anglais seulement).
     
     Le fait d’avoir participé au programme du prix Henry Friesen Prize a été un moment phare du CAC et nous anticipons avec plaisir de futurs partenariats avec les Amis des IRSC.